Københavns Kommune er enig med Transportministeriet i hvordan den overordnede linjeføring til en mulig havnetunnel bør være. Kommunens økonomiudvalg har godkendt en model og linjeføring fra Nordhavnsvej til Nordhavn i en sænketunnel og fra Nordhavn primært som boret tunnel via Refshaleøen, Kløvermarken og Amager Fælled til Amagermotorvejen ved Sjællandsbroen.
Transportministeriet skønner, at den foreslåede model vil koste omkring 27 mia. kroner. Finansieringen kan tilvejebringes fra forskellige kilder som statstilskud, brugerbetaling, tilskud fra grundejere i de betjente områder og OPP.
Havnetunnelen forventes at få en trafik på ca. 65.000 biler i døgnet og vil aflaste det centrale København og Ring 2 og Ring 3.